一套房有两个房产证，有两种情况。1.房本是两人名，有两个相同地址，但不同名得房本。实际上这样的房本是算一个的，也就是按首套算。2.开发商下房本时就下的两个房本。这样的情况在北京顺义这边很常见。这样的话需要占用您的两个购房名额。也就是说一个证按首套购房，一个按二套购房。具体税费得看您房子的大小及您当地的过户指导价来算。